一般情況下，當標準化通量下降10～15%時，或系統脫鹽率下降10～15%，或操作壓力及段間壓差升高10～15%，應清洗RO系統。清洗頻度與系統預處理程度有直接的關系，當SDI15<3時，清洗頻度也許爲每年4次;當SDI15在5左右時，清洗頻度也許要加倍但清洗頻度取決于每一個項目現場的實際情況。